Forschungsthemen

Big Data Management and Mining

Ein Forscher zeigt mit einem Stift auf einen Bildschirm, wo eine Datenplattform für Gehirndaten zu sehen ist.
BrainTrawler ist ein webbasiertes visuelles Analysewerkzeug, welches Echtzeitzugriff auf sehr große Datenmengen erlaubt. BrainTrawler ist für die üblichen neurowissenschaftlichen Workflows konzipiert und ermöglicht es bei bestimmten Gehirnregionen die Daten zur Wirkungsweise bestimmter Gene und das Verbindungssystem innerhalb des Gehirns zu untersuchen, um beispielsweise die zugrundeliegenden Dynamiken von Verhaltensmuster zu verstehen.

Seit 2008 entwickelt VRVis komplette Plattformen zum webbasierten Management, der Visualisierung, der Integration und des Minings von Gehirndaten. Alleinstellungsmerkmal des Systems sind die sehr performanten räumlichen Indexingmethoden, die es intuitiv und fast in Echtzeit erlauben, den Inhalt zehntausender von 3D Datensätzen nach ähnlichen oder überlappenden Sub-Strukturen zu durchsuchen. Unsere Entwicklungen basieren auf unserem modularen Brain* Framework.

Unsere Systeme sind mittlerweile in etlichen Institutionen installiert und bieten teilweise auch öffentlichen Zugang zu großen Datensammlungen. Das BrainBase System hosted zur Zeit Datensammlungen zum larvalen und adulten Gehirn der Drosophila melanogaster und des Zebrafischs. (siehe z.B. larvalbrain.org, fruitfly.tefor.net, zebrafish.tefor.net)

Zusammen mit Neurowissenschaftlerinnen und -wissenschaftlern des Haubensak Labs und Boehringer-Ingelheim entwickeln wir BrainTrawler für Datensammlungen zum Gehirn von Mäusen und Menschen. Mittels räumlicher Indexierung ermöglichen wir hier die Analyse von Genexpressiondaten und komplexen Gehirnnetzwerken in Echtzeit. Eine Zuordnung der Daten zu hierarchisch organisierten anatomischen Strukturen ermöglicht die Suche auf verschiedenen anatomischen Ebenen. Zusammen mit intuitiver Netzwerk-Visualisierung, iterativen visuellen Abfragen und quantitativen Informationen ermöglicht BrainTrawler die genetische Dissektion multimodaler Netzwerke auf lokaler/globaler Ebene im räumlichen Kontext.

Auswahl an Publikationen

Datenvisualisierung

Visualisierungs-Pipeline, die zeigt, wie 3D-Gehirnnetzwerkdaten analysiert werden.
Das VRVis-Paper „Spatial-data-driven layouting for brain network visualization“ stellt den mit Brain* möglichen innovativen räumlich-datengesteuerten Ansatz für die bessere Analyse von 3D-Gehirnnetzwerken in 2D-Node-Link-Diagrammen vor.

Die Visualisierung neurowissenschaftlicher Daten für Publikationen, aber auch für die interaktive Datenexploration im Kontext des Brain*-Systems ist ein wichtiger Forschungsbereich des VRVis. In mehreren Arbeiten wurde beispielsweise ein besonderer Schwerpunkt auf die Visualisierung und die interaktive Analyse von Gehirnnetzwerkdaten gelegt, sowie auf die Umsetzung sehr performanter webbasierter 2D- und 3D- Visualisierung von Gehirndaten (siehe z.B. larvalbrain.org).

Analyse komplexer und heterogener Daten aus Verhaltensstudien und Neuron Recordings

Zu sehen ist in hellem grau die Skizze eines Gehirns und darin visualisiert sind in bunten Querverbindungen die neuronalen Schleifen, die das Bauchgefühl konstituieren.
Die neuronale Basis des Bauchgefühls: Neuronale Schleife zwischen der Amygdala (schwarz), dem basalen Vorderhirn (gelb) und der Inselrinde (cyan).

Wir entwickeln und erforschen maßgeschneiderte Data Science und Visual Analytics-Lösungen, um die oft sehr anspruchsvollen und heterogenen Daten aus Verhaltens- und pharmakologischen Experimenten zu analysieren. Die Datentypen sind vielfältig: Neben Aufzeichnungen neuronaler Aktivitäten wenden wir unsere Methoden auch auf Daten an, die aus Videoaufnahmen von Verhaltensstudien extrahiert wurden.

Neben "klassischen" Methoden des Machine und Deep Learning, wie Klassifizierungen und Clusteranalysen, verwenden wir auch Methoden aus der Informationstheorie oder psychophysikalische Modelle.

Computational Neuroscience

Dreistufige Visualisierung aus der VRVis-Publikation zur molekularen Archäologie.
Das Paper zur evolutionären Rolle des menschlichen Gehirns in Bezug auf Sprache und strategischem Denken wurde 2022 im renommierten Journal Cell Reports veröffentlicht.

Computational Neuroscience verwendet ausschließlich Daten und mathematische Methoden bzw. Methoden der Informatik, um neue Erkenntnisse zu gewinnen. Gemeinsam mit mehreren Partnerinnen und Partnern haben wir beispielsweise neue Ansätze entwickelt, um neue funktionale Gehirnregionen auf der Basis zehntausender Bilddatensätze von Neuronen zu berechnen oder funktionale Teilnetzwerke, die mit bestimmten Genen korrelieren, zu rekonstruieren. In einer aktuellen Arbeit versuchen wir den Ursprung menschlicher kognitiver Merkmale zu kartieren, indem wir evolutionäre Genomik mit funktioneller Neuroanatomie kombinieren, um die neurogenetische Entwicklung der menschlichen Hirnfunktionen direkter und umfassender zu rekonstruieren.

Um eine akzeptable Performance für die komplizierten Berechnungen auf sehr großen Datenmengen zu erreichen, entwickeln wir hochparallelisierte Lösungen und nutzen gezielt verfügbare High Performance Computing-Infrastrukturen.

    Virtual Reality für Life Sciences

    Extended Reality-Werkzeuge (Augmented und Virtual Reality) finden immer öfter Einsatz in den Life Sciences. Denn digitale Realitäten helfen wissenschaftliche Experimente, Trainings und Behandlungen zu verbessern, indem sie immersive und realitätsgetreue Umgebungen schaffen, die kostengünstig und kontrollierbar sind.

    Für die Abteilung für Neurobiologie der Universität Wien entwickelten wir am VRVis einen Bewegungs- und Kamera-Aufbau, mit welchem die Reaktionen von Jagdspinnen untersucht werden können. Die Spinne läuft auf einer Kugel von ein Meter Durchmesser in einer projizierten Umgebung. Eine Kamera misst die Bewegungen der Spinnen und dreht die Kugel um die Spinne im Zentrum zu halten. Dadurch können beliebige visuelle Stimuli in Abhängigkeit der Spinnenbewegung erzeugt werden, auch solche, die mit einem physischen Aufbau unmöglich wären.

    Referenzen

    Unsere Projekte