Produkte & Lizenzen

Software

BrainWarp ist ein Tool, das die automatische Integration massiver Datensammlungen auf einen gemeinsamen Referenzraum – ein sogenanntes Standardgehirn – unterstützt, Funktionalitäten für die kollaborative Qualitätssicherung bereitstellt, sowie die nachfolgende Integration der Daten in BrainBase unterstützt.

BrainBase, BrainBaseWeb und BrainGazer ermöglichen aktuell die anatomische, räumliche oder strukturelle Suche auf sehr großen Sammlungen konfokaler Mikroskopiebilder von Gehirnen der Fruchtfiege, Fruchtfliegenlarve oder des Zebrafisches. Unserer patentierten Datenstrukturen erlauben eine intuitive Suche nach korrespondierenden Expressionsmustern von Neuronen auf zehntausenden von 3D Bildern, und das nahezu in Echtzeit. BrainGazer und BrainBaseWeb stellen zudem eine Vielzahl von Visual Analytics und Visualisierungstools für die Daten zur Verfügung (siehe www.braingazer.org).

Derzeit gibt es vier Instanzen der Software die öffentliche Datensammlungen unterstützen:

  • www.larvalbrain.org: Standard Version des Larvalen Fruchtfiegengehirns (drosophila melanogaster) mit anatomischen Annotationen, sowie einer Sammlung genetischer Linien. Die Datensammlung wurden gemeinsam von der Universität Leipzig (Prof. Andreas Thum), der UCLA (Prof Hartenstein), der RWTH Aachen (Prof. Dorit Merhof) und dem VRVis (Dr. Katja Bühler) im Rahmen eines von der DFG und dem FWF geförderten Projektes entwickelt und bereitgestellt.

  • fruitfly.tefor.net und zebrafish.tefor.net: Sammlung konfokaler Mikroskopiebilder mit neuralen Strukturen, die von der TEFOR Infrastruktur bereitgestellt werden.

  • https://implegacy.brainbase.at: Ältere Version von BrainBaseWeb, die eine Sammlung von über 15.000 3D Bildern der VT Linien in der adulten Fruchtfliege (drosophila melanogaster) zeigen, die von Barry Dickson am IMP in Wien generiert wurden.

BrainTrawler – integratives Analyse-System für komplexe Gehirnnetzwerke:

  • Zusammen mit Neurowissenschaftlerinnen und -wissenschaftlern des Haubensak Labs des IMP Wien und Boehringer Ingelheim entwickeln wir BrainTrawler, ein webbasierendes Framework zur Untersuchung heterogener neurobiologischer Daten von Mäusen und Menschen. Mittels räumlicher Indexierung ermöglichen wir die Analyse von Genexpressiondaten und komplexen Gehirnnetzwerken in Echtzeit. Eine Zuordnung der Daten zu hierarchisch organisierten anatomischen Strukturen ermöglicht die Suche auf verschiedenen anatomischen Ebenen. Zusammen mit intuitiver Netzwerk-Visualisierung, iterativen visuellen Abfragen und quantitativen Informationen ermöglicht BrainTrawler die genetische Dissektion multimodaler Netzwerke auf lokaler/globaler Ebene im räumlichen Kontext. Weitere Infos hier.

Lizensierung

Lizenzinformationen sowie Informationen über die Zusammenarbeit an einem gemeinsamen Forschungsprojekt sind auf Anfrage erhältlich.

Weitere Informationen

Braingazer.org

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Awards

Projekte